Website: https://vjfc.nifc.gov.vn/
Website: https://vjfc.nifc.gov.vn/
Salmonella spp. là một trong những tác nhân quan trọng gây ngộ độc thực phẩm, tuy nhiên, các phương pháp vi sinh truyền thống chủ yếu cho phép phát hiện tác nhân mà chưa đủ khả năng đánh giá mối liên hệ di truyền giữa các chủng phân lập từ các mẫu khác nhau. Nghiên cứu này ứng dụng giải trình tự toàn bộ hệ gen bằng công nghệ Nanopore nhằm hỗ trợ đánh giá mối liên hệ di truyền giữa các chủng Salmonella spp. trong một vụ ngộ độc thực phẩm liên quan đến bánh mì tại Việt Nam. Tổng số 16 mẫu thực phẩm liên quan đến vụ việc được xét nghiệm các chỉ tiêu vi sinh và độc tố thường gặp trong điều tra ngộ độc thực phẩm. Kết quả cho thấy 10/16 mẫu dương tính với Salmonella spp., trong khi phần lớn các chỉ tiêu khác âm tính hoặc ở mức thấp. Các chủng Salmonella phân lập từ các mẫu dương tính được giải trình tự toàn bộ hệ gen bằng công nghệ Nanopore và phân tích tin sinh học để xác định chất lượng dữ liệu đọc, đặc điểm lắp ráp hệ gen, kiểu huyết thanh, kiểu trình tự đa locus, plasmid và các gen liên quan đến kháng kháng sinh. Kết quả cho thấy 10 chủng phân lập đều được xác định là Salmonella enterica serovar Enteritidis, thuộc kiểu trình tự ST11 và có hồ sơ di truyền tương đồng. Phân tích đa hình nucleotide đơn (SNP) cho thấy khoảng cách giữa các chủng dao động từ 0 đến 6 SNP, trong đó một số chủng phân lập từ thực phẩm có kiểu SNP giống hệt các chủng phân lập từ bệnh phẩm. Các kết quả này cho thấy các chủng phân lập từ thực phẩm và bệnh phẩm có mối liên hệ di truyền chặt chẽ và cung cấp bằng chứng hệ gen hỗ trợ giả thuyết dịch tễ học về một nguồn phơi nhiễm chung trong vụ việc.
Salmonella spp., foodborne outbreak, bánh mì, Nanopore sequencing, genetic relatedness, whole genome sequencing.
[1]. Centers for Disease Control and Prevention (CDC), “About Salmonella infection,” October 4, 2024. [Online]. Available: https://www.cdc.gov/salmonella/about/ [Accessed July 1, 2026].
[2]. World Health Organization (WHO), “Salmonella (non-typhoidal),” February 20, 2018. [Online]. Available: https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/salmonella-(non-typhoidal) [Accessed July 1, 2026].
[3]. Vietnamnet, “More than 310 people suffered from Phuong bread poisoning, 273 cases were hospitalized.” [Online]. Available: https://vietnamnet.vn/313-nguoi-ngo-doc-sau-an-banh-mi-phuong-2193143.html [Accessed July 1, 2026].
[4]. Vietnam Food Administration, “Update on the situation of food poisoning cases in Long Khanh City,” May 8, 2024. [Online]. Available: https://vfa.gov.vn/tin-tuc/cap-nhat-tinh-hinh-vu-ngo-doc-thuc-pham-tren-dia-ban-thanh-pho-long-khanh.html [Accessed July 1, 2026].
[5]. Sai Gon Giai Phong, “Suspected bread poisoning case in Dong Thap: 25/36 samples were positive for Salmonella sp.,” June 20, 2026. [Online]. Available: https://www.sggp.org.vn/vu-nghi-ngo-doc-banh-mi-o-dong-thap-2536-mau-benh-pham-duong-tinh-voi-salmonella-sp-post858348.html [Accessed July 1, 2026].
[6]. Nhan Dan, “Bread poisoning case in Vung Tau: More than 54% of patient samples are positive for Salmonella bacteria,” March 9, 2026. [Online]. Available: https://nhandan.vn/vu-ngo-doc-banh-mi-o-vung-tau-hon-54-mau-benh-nhan-duong-tinh-voi-vi-khuan-salmonella-post947250.html [Accessed July 1, 2026].
[7]. Centers for Disease Control and Prevention (CDC), “Multistate Foodborne Outbreaks: Investigation Steps,” November 21, 2025. [Online]. Available: https://www.cdc.gov/foodborne-outbreaks/outbreakbasics/investigation-steps.html [Accessed July 1, 2026].
[8]. U.S. Food and Drug Administration (FDA), “Examples of How FDA Has Used Whole Genome Sequencing of Foodborne Pathogens For Regulatory Purposes.” [Online]. Available:
https://www.fda.gov/food/whole-genome-sequencing-wgs-program/examples-how-fda-has-used-wholegenome-sequencing-foodborne-pathogens-regulatory-purposes [Accessed July 1, 2026].
[9]. J. Quick, P. Ashton, S. Calus, et al., “Rapid draft sequencing and real-time nanopore sequencing in a hospital outbreak of Salmonella,” Genome Biology, vol. 16, p. 114, 2015.
[10]. Y. Lin, L. Yang, S. Qiu, et al., “Rapid identification and source tracing of a Salmonella Typhimurium outbreak in China by metagenomic and whole-genome sequencing,” Foodborne Pathogens and Disease, vol. 19, no. 4, pp. 259–265, 2022.
[11]. T. L. Taylor, J. D. Volkening, E. DeJesus, et al., “Rapid, multiplexed, whole genome and plasmid sequencing of foodborne pathogens using long-read nanopore technology,” Scientific Reports, vol. 9, p. 16350, 2019.
[12]. X. Wu, H. Luo, C. Ge, et al., “Evaluation of multiplex nanopore sequencing for Salmonella serotype prediction and antimicrobial resistance gene and virulence gene detection,” Frontiers in Microbiology, vol. 13, p. 1073057, 2023.
[13]. S. Rheman, S. Hossain, M. S. Sarker, et al., “Nanopore sequencing for identification and characterization of antimicrobial-resistant Escherichia coli and Salmonella spp. from tilapia and shrimp sold at wet markets in Dhaka, Bangladesh,” Frontiers in Microbiology, vol. 15, p. 1329620, 2024.
[14]. B. Bogaerts, A. Van den Bossche, B. Verhaegen, et al., “Closing the gap: Oxford Nanopore Technologies R10 sequencing allows comparable results to Illumina sequencing for SNP-based outbreak investigation of bacterial pathogens,” Journal of Clinical Microbiology, vol. 62, no. 5, p. e01576-23, 2024.
[15]. Oxford Nanopore Technologies, “Dorado,” August 9, 2026. [Online]. Available: https://github.com/nanoporetech/dorado [Accessed August 13, 2026].
[16]. M. Kolmogorov, J. Yuan, Y. Lin, and P. A. Pevzner, “Assembly of long, error-prone reads using repeat graphs,” Nature Biotechnology, vol. 37, no. 5, pp. 540–546, 2019.
[17]. EPI2ME, “wf-bacterial-genomes,” July 23, 2026. [Online]. Available: https://github.com/epi2melabs/wf-bacterial-genomes [Accessed August 13, 2026].
[18]. Oxford Nanopore Technologies, “Medaka,” August 7, 2026. [Online]. Available: https://github.com/nanoporetech/medaka [Accessed August 13, 2026].
[19]. O. Schwengers, L. Jelonek, M. A. Dieckmann, S. Beyvers, J. Blom, and A. Goesmann, “Bakta: rapid and standardized annotation of bacterial genomes via alignment-free sequence identification,” Microbial Genomics, vol. 7, no. 11, p. 000685, 2021.
[20]. V. Bortolaia, R. S. Kaas, E. Ruppe, et al., “ResFinder 4.0 for predictions of phenotypes from genotypes, The Journal of Antimicrobial Chemotherapy, vol. 75, no. 12, pp. 3491–3500, 2020.
[21]. J. Robertson and J. H. E. Nash, “MOB-suite: software tools for clustering, reconstruction and typing of plasmids from draft assemblies,” Microbial Genomics, vol. 4, no. 8, p. e000206, 2018.
[22]. R. S. Kaas, P. Leekitcharoenphon, F. M. Aarestrup, and O. Lund, “Solving the Problem of Comparing Whole Bacterial Genomes across Different Sequencing Platforms,” PLoS One, vol. 9, no. 8, p. e104984, 2014.
[23]. Saltykova, V. Wuyts, W. Mattheus, et al., “Comparison of SNP-based subtyping workflows for bacterial isolates using WGS data, applied to Salmonella enterica serotype Typhimurium and serotype 1,4,[5],12:i:-,” PLoS One, vol. 13, no. 2, p. e0192504, 2018.
[24]. H. H. Mostafa, “An evolution of Nanopore next-generation sequencing technology: implications for medical microbiology and public health,” Journal of Clinical Microbiology, vol. 62, no. 5, p. e00246-24, 2024.
[25]. C. Nadon, I. Van Walle, P. Gerner-Smidt, et al., “PulseNet International: Vision for the implementation of whole genome sequencing (WGS) for global food-borne disease surveillance,” Euro Surveillance, vol. 22, no. 23, p. 30544, 2017